用于生物分子测定的装置的制作方法-尊龙凯时官方app下载

文档序号:36401682发布日期:2023-12-16 05:21阅读:来源:国知局

技术特征:
1.
一种选择用于生物分子测定的表面的方法,所述方法包括:
(a)
提供包含多个生物分子的一个或多个生物样品;
(b)
使所述一个或多个生物样品与多个表面接触,使得所述多个表面中的每个表面吸附所述多个生物分子中的生物分子子集;
(c)
对于所述多个表面中的每个表面,确定吸附在其上的所述生物分子子集的丰度;以及
(d)
当与所述多个表面中的另一表面子集相比,一表面子集吸附包含不同丰度模式的生物分子或生物分子分组时,至少部分地基于所述丰度来选择所述多个表面中的所述表面子集
。2.
根据权利要求1所述的方法,其中当所述表面子集中的第一表面结合功能相关和
/
或结构相关的生物分子的第一集合时,选择所述表面子集
。3.
根据权利要求2所述的方法,其中当所述表面子集中的第二表面结合功能相关和
/
或结构相关的生物分子的第二集合时,选择所述表面子集
。4.
根据权利要求2或3所述的方法,其中功能相关的生物分子的所述第一集合

功能相关的生物分子的所述第二集合或两者包括以下中的至少一种:激素蛋白

细胞溶解蛋白

先天免疫蛋白

膜攻击复合体

补体途径蛋白

淀粉样纤维

参与胆固醇代谢的蛋白质

参与类固醇代谢的蛋白质

具有
γ
羧基谷氨酸结构域的蛋白质

与淀粉样变性相关的蛋白质

硫酸化蛋白

蛋白聚糖蛋白

免疫球蛋白

适应性免疫蛋白

线粒体蛋白

膜蛋白

细胞形状蛋白

肌肉蛋白

与遗传物质结合的蛋白质

与基因表达和
/
或调控相关的蛋白质

与细胞内和
/
或细胞外空间相关的蛋白质及其任何组合
。5.
根据权利要求
2-4
中任一项所述的方法,进一步包括使并未在所述一个或多个生物样品之中的新生物样品与所述表面子集接触,从而测定所述新生物样品中功能相关和
/
或结构相关的生物分子的所述第一集合或所述第二集合
。6.
根据权利要求
2-5
中任一项所述的方法,其中所述第一表面和所述第二表面各自以不同的相对丰度吸附所述多个生物分子中的给定生物分子
。7.
根据权利要求
2-6
中任一项所述的方法,其中所述第一表面吸附至少一个未吸附在所述第二表面上的生物分子
。8.
根据权利要求
1-7
中任一项所述的方法,其中所述一个或多个生物样品是从患有给定疾病的对象获得的样品,使得所述选择的表面子集被优化用于针对所述给定疾病测定新生物样品
。9.
根据权利要求8所述的方法,进一步包括使并未在所述一个或多个生物样品之中的新生物样品与所述表面子集接触,从而探测所述新生物样品中的生物分子以确定与所述给定疾病相关的所述新生物样品的疾病状态
。10.
根据权利要求
1-7
中任一项所述的方法,其中所述一个或多个生物样品是从个体获得的,使得所述选择的表面子集被优化用于测定来自所述个体的生物样品
。11.
根据权利要求
1-7
中任一项所述的方法,其中所述一个或多个生物样品是从具有至少一种属性的个体分组获得的,使得所述选择的表面子集被优化用于测定来自具有所述至少一种属性的个体的生物样品
。12.
根据权利要求
11
所述的方法,其中所述至少一种属性包括遗传因素

非遗传因素或
两者
。13.
根据权利要求
12
所述的方法,其中所述遗传因素包括一个或多个遗传突变

一个或多个等位基因的存在或缺失

一个或多个基因的存在或缺失

一个或多个染色体的存在或缺失或其任何组合
。14.
根据权利要求
12

13
所述的方法,其中所述非遗传因素包括身体活动水平

睡眠质量和模式

药物和
/
或酒精的消耗

生物统计学或其任何组合
。15.
根据权利要求
1-7
中任一项所述的方法,其中所述一个或多个生物样品是从一个或多个物种获得的样品,使得所述选择的表面子集被优化用于测定所述一个或多个物种中的至少一个物种
。16.
根据权利要求
3-15
中任一项所述的方法,其中当吸附在所述第一表面和所述第二表面上的不同生物分子子集的身份之间的
jaccard
指数为至多约
0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9
时,选择所述第一表面和所述第二表面
。17.
根据权利要求
3-16
中任一项所述的方法,其中当功能相关的生物分子的所述第一集合和功能相关的生物分子的所述第二集合的测量强度之间的皮尔逊相关系数为至多约
0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9
或1时,选择所述第一表面和所述第二表面
。18.
根据权利要求
1-17
中任一项所述的方法,其中当与所述多个表面中的另一表面子集相比,所述表面子集以更大的动态范围吸附生物分子或生物分子分组时,选择所述表面子集
。19.
根据权利要求
18
所述的方法,其中所述更大的动态范围大至少约
1、2、3、4、5、6、7、8、9

10
个数量级
。20.
根据权利要求
1-19
中任一项所述的方法,其中所述一个或多个生物样品包括相同给定生物样品的衍生物或部分
。21.
根据权利要求
1-19
中任一项所述的方法,其中所述一个或多个生物样品包括人血浆样品
。22.
根据权利要求
1-19
中任一项所述的方法,其中所述一个或多个生物样品包括生物样品标准品
。23.
根据权利要求
22
所述的方法,其中所述生物样品标准品是
hela
细胞提取物
。24.
根据权利要求
1-23
中任一项所述的方法,其中所述多个生物分子包括聚氨基酸
。25.
根据权利要求
24
所述的方法,其中所述聚氨基酸包括肽

蛋白质或其组合
。26.
根据权利要求
1-25
中任一项所述的方法,其中吸附在所述多个表面中的至少一个表面上的不同生物分子子集包括不共享共同结合模体的至少两个生物分子
。27.
根据权利要求
1-26
中任一项所述的方法,其中
(c)
中的所述确定身份是通过以下进行的:
(i)
将吸附在所述多个表面中的每个表面上的所述不同生物分子子集解吸以产生解吸的生物分子,
(ii)
对所述解吸的生物分子进行质谱法以产生质谱信号,以及
(iii)
量化所述质谱信号以确定所述不同生物分子子集的身份
。28.
根据权利要求
27
所述的方法,其中
(i)
进一步包括消化所述不同生物分子子集的至少一部分以产生解吸的生物分子
。29.
根据权利要求
28
所述的方法,其中所述消化包括使所述不同生物分子子集与蛋白酶接触

30.
根据权利要求
1-29
中任一项所述的方法,其中所述多个表面中的每个表面吸附所述多个生物分子中的不同生物分子子集
。31.
根据权利要求
30
所述的方法,其中吸附在所述多个表面中的第一表面上的第一不同生物分子子集与吸附在所述多个表面中的第二表面上的第二生物分子子集包括至少一个共同生物分子
。32.
根据权利要求
30

31
所述的方法,其中所述第一不同生物分子子集和所述第二生物分子子集包括至少一个不共同的生物分子
。33.
根据权利要求
1-32
中任一项所述的方法,其中所述不同丰度模式包括相对于所述一个或多个生物样品中的所述多个生物分子的低丰度生物分子的富集
。34.
一种产生经富集的生物样品的方法,所述方法包括:
(a)
提供包含多个生物分子的样品;
(b)
使所述样品与颗粒或树脂接触,以将所述样品中的至少一个生物分子或生物分子类别靶标特异性地结合至所述颗粒或树脂;
(c)
从所述样品分离所述颗粒或树脂和所述至少一个生物分子,从而产生耗尽样品;
(d)
使所述耗尽样品与表面接触,其中所述表面被配置为将所述耗尽样品中的生物分子集合吸附在所述表面上;
(e)
从所述耗尽样品分离所述生物分子集合和所述表面;以及
(f)
从所述表面释放所述生物分子集合以产生包含所述生物分子集合的富集样品
。35.
根据权利要求
34
所述的方法,其中所述至少一个生物分子或生物分子类别靶标包括:白蛋白
、igg、iga、igm、igd、ige、igg(
轻链
)、
α-1-酸性糖蛋白

纤维蛋白原

触珠蛋白

α-1-抗胰蛋白酶

α-2-巨球蛋白

转铁蛋白

载脂蛋白
a-1
或其任何组合
。36.
根据权利要求
34

35
所述的方法,其中所述至少一个生物分子或生物分子类别靶标包括所述多个生物分子的预定子集,所述预定子集具有高相对丰度
。37.
根据权利要求
34-36
中任一项所述的方法,其中在步骤
(c)
中,所述分离使所述至少一个生物分子或生物分子类别靶标的丰度降低至少
2、5、10

100

。38.
根据权利要求
35-37
中任一项所述的方法,其中在步骤
(c)
中,产生所述耗尽样品产生在步骤
(f)
的所述富集样品中的多至少约
30
%的独特蛋白质

蛋白质分组或肽
。39.
根据权利要求
35-38
中任一项所述的方法,其中在步骤
(c)
中,产生所述耗尽样品产生在步骤
(f)
的所述富集样品中的所述独特蛋白质或蛋白质分组的至少约1个数量级的更大动态范围
。40.
根据权利要求
35-39
中任一项所述的方法,进一步包括在步骤
(c)
之后或在步骤
(d)
之前,将所述耗尽样品干燥并重构至预定浓度或体积
。41.
根据权利要求
35-40
所述的方法,进一步包括在步骤
(e)
之后,将所述富集样品干燥并重构至预定浓度或体积
。42.
根据权利要求
35-41
中任一项所述的方法,其中所述方法在少于约
72
小时内进行
。43.
根据权利要求
35-42
中任一项所述的方法,其中所述生物分子包括蛋白质或蛋白质分组
。44.
根据权利要求
35-43
中任一项所述的方法,其中所述表面是纳米颗粒表面
。45.
根据权利要求
35-44
中任一项所述的方法,进一步包括使所述耗尽样品与第二表面
接触,其中所述第二表面被配置为将所述耗尽样品中的生物分子的第二集合吸附在所述第二表面上
。46.
根据权利要求
35-45
中任一项所述的方法,其中
(f)
中的所述释放进一步包括消化所述生物分子集合
。47.
根据权利要求
35-46
中任一项所述的方法,其中所述颗粒或树脂设置在柱中
。48.
一种用于富集生物样品的试剂盒,所述试剂盒包括:第一物质,所述第一物质被配置为特异性地结合至生物分子靶标的第一集合;第二物质,所述第二物质被配置为吸附生物分子靶标的第二集合;和第三物质,所述第三物质被配置为吸附生物分子靶标的第三集合
。49.
根据权利要求
48
所述的试剂盒,其中所述第一物质是树脂或颗粒
。50.
根据权利要求
48

49
所述的试剂盒,其中所述第一物质包括特异性结合部分,所述特异性结合部分被配置为结合至生物分子靶标的所述第一集合
。51.
根据权利要求
48-50
中任一项所述的试剂盒,其中所述第一物质被配置为特异性地结合至白蛋白
、igg、iga、igm、igd、ige、igg(
轻链
)、
α-1-酸性糖蛋白

纤维蛋白原

触珠蛋白

α-1-抗胰蛋白酶

α-2-巨球蛋白

转铁蛋白和载脂蛋白
a-1
中的至少一种
。52.
根据权利要求
48-51
中任一项所述的试剂盒,进一步包括第四物质,所述第四物质被配置为非特异性地结合至生物分子靶标的第四集合
。53.
根据权利要求
48-52
中任一项所述的试剂盒,进一步包括第五物质,所述第五物质被配置为非特异性地结合至生物分子靶标的第五集合
。54.
根据权利要求
48-53
中任一项所述的试剂盒,其中所述第二物质包括多个结构域,其中所述多个结构域中的每个结构域被配置为非特异性地结合至生物分子靶标的所述第二集合中的不同子集
。55.
根据权利要求
48-54
中任一项所述的试剂盒,其中所述第二物质包括颗粒表面,并且所述多个结构域包括所述颗粒表面上的多个表面区域
。56.
根据权利要求
48-55
中任一项所述的试剂盒,其中所述第二物质包括多个颗粒表面,并且所述多个颗粒表面设置在多个颗粒上
。57.
根据权利要求
48-56
中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒包括其中设置有所述第一物质

所述第二物质和所述第三物质的腔室或孔
。58.
根据权利要求
48
所述的试剂盒,其中所述腔室包含柱
。59.
根据权利要求
48
所述的试剂盒,其中所述腔室包含微流体通道
。60.
根据权利要求
48
所述的试剂盒,其中所述孔的表面区域包括所述第一物质


技术总结
本文公开了在蛋白质和


技术研发人员:丹尼尔
受保护的技术使用者:禧尔公司
技术研发日:2022.02.25
技术公布日:2023/12/15
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